(1) Выбор оборудования. При выборе фармацевтического оборудования возникают некоторые проблемы, такие как выбор на основе опыта (без фактических расчётов или с недостаточным количеством данных для расчётов), слепое стремление к совершенству и недостаточное изучение физических данных, что серьёзно влияет на практичность и экономичность оборудования.

(2) Установка оборудования и обучение персонала. При установке фармацевтического оборудования часто уделяется большое внимание ходу строительства, игнорируя качество, что приводит к увеличению расходов на обслуживание оборудования в дальнейшем. Кроме того, недостаточная подготовка персонала, обслуживающего и эксплуатирующего оборудование, также создает риски для управления и обслуживания фармацевтического оборудования.

(3) Недостаточные инвестиции в управление и поддержание информатизации. В настоящее время, хотя многие предприятия придают большое значение управлению и обслуживанию оборудования, а также ведению учета обслуживания оборудования и регистрации основных параметров, некоторые проблемы все еще существуют, например, трудности с предоставлением данных о непрерывном обслуживании, отсутствие эффективной информации о технических характеристиках фармацевтического оборудования (спецификации, чертежи и т. д.), что, по-видимому, усложняет управление оборудованием, его обслуживание и реконструкцию.

(4) Система управления. Отсутствие эффективной системы и методов управления приводит к недостаточному управлению персоналом по обслуживанию фармацевтического оборудования, отсутствию стандартизации работы персонала по обслуживанию, а также к скрытым угрозам безопасности в процессе управления фармацевтическим оборудованием и обслуживания.